در روزهایی که میلیون‌ها نفر برای وداع و تشییع رهبر شهید در پایتخت حضور داشتند، شبکه سلامت کشور با آماده‌باش کامل، خدمات درمانی و دارویی گسترده‌ای را به زائران و عزاداران ارائه کرد. وزارت بهداشت و دانشگاه علوم پزشکی تهران نیز با استقرار بیمارستان شهدای سلامت در مصلای امام خمینی(ره)، تیم‌های تخصصی، داروخانه و نیروهای درمانی، نقش مهمی در خدمت‌رسانی ایفا کردند.